Der Hauptunterschied zwischen genetischer Karte und Verknüpfungskarte ist die Art der Gene, die für den Kartierungsprozess verwendet werden. Die genetische Karte besteht aus allen Genen, die auf einem bestimmten Chromosom vorhanden sind, während die Verknüpfungskarte aus verknüpften Genen besteht, die auf einem bestimmten Chromosom vorhanden sind.
Genetische Karte und Verknüpfungskarte sind zwei Arten von Chromosomenkarten, die Gene veranschaulichen, die auf den Chromosomen gefunden werden. Eine genetische Karte zeigt alle Gene, während eine Verknüpfungskarte nur die verknüpften Gene zeigt. Beide sind sehr nützlich bei der Diagnose genetischer Krankheiten und Störungen. Darüber hinaus können Chromosomenaberrationen auch mithilfe von Gen- und Verknüpfungskarten nachgewiesen werden. Verknüpfungskarten liefern ferner eine Vorstellung von der Evolution bestimmter Gene.