Der Hauptunterschied zwischen funktioneller Gruppe und Substituent besteht darin, dass die funktionelle Gruppe ein aktiver Teil eines Moleküls ist, während der Substituent eine chemische Spezies ist, die ein Atom oder eine Gruppe von Atomen in einem Molekül ersetzen kann.
Die Begriffe funktionelle Gruppe und Substituent finden sich häufig in der organischen Chemie. Eine funktionelle Gruppe ist ein spezifischer Substituententyp, der die Aktivität eines Moleküls verursacht. Dies bedeutet, dass die Reaktionen eines bestimmten Moleküls durch die funktionelle Gruppe bestimmt werden. Ein Substituent kann jedoch entweder eine aktive chemische Spezies oder eine inaktive chemische Spezies sein.