Der Hauptunterschied zwischen X-Inaktivierung und genomischer Prägung besteht darin, dass die X-Inaktivierung der Prozess ist, durch den eine Kopie des X-Chromosoms bei einigen Frauen inaktiviert wird, während die genomische Prägung ein Prozess ist, der vom Elternteil der Herkunft abhängt und bei dem Kopien von Gene werden unterschiedlich exprimiert.
X-Inaktivierung und genomische Prägung sind zwei Prozesse, die zu einer monoallelen Expression führen können. Mit einfachen Worten, beide Phänomene bewirken das Ausschalten einer Kopie eines Gens. Die genomische Prägung findet in bestimmten Genen statt, während die X-Inaktivierung die Inaktivierung von Genen im gesamten X-Chromosom bewirkt. Beide Prozesse führen jedoch zu einer verminderten Genexpression.
