Der Hauptunterschied zwischen Thiocyanat und Isothiocyanat besteht darin, dass Thiocyanat eine funktionelle Gruppe ist, bei der die Alkyl- oder Arylgruppe über das Schwefelatom gebunden ist, während Isothiocyanat das Bindungsisomer von Thiocyanat ist, bei dem die Alkyl- oder Arylgruppe über das Stickstoffatom gebunden ist.
Thiocyanat und Isothiocyanat sind funktionelle Gruppen, die Kohlenstoff-, Stickstoff- und Schwefelatome enthalten. Diese funktionellen Gruppen haben die gleiche Konnektivität von Atomen. Das heißt, das Kohlenstoffatom befindet sich in der Mitte, während Stickstoff- und Schwefelatome an seinen Seiten gebunden sind. Die chemische Bindung zwischen diesen Atomen unterscheidet sich jedoch voneinander.
