Der Hauptunterschied zwischen Bakteriochlorophyll und Chlorophyll besteht darin, dass die anoxygenen Phototrophen wie Purpurbakterien, Heliobakterien und grüne Schwefelbakterien usw. Bakteriochlorophylle aufweisen, während sauerstoffhaltige Phototrophen wie Grünpflanzen, Algen und Cyanobakterien Chlorophylle aufweisen.
Es gibt zwei Arten der Photosynthese; sauerstoffhaltige Photosynthese und anoxygene Photosynthese. Es gibt auch zwei Arten von photosynthetischen Pigmenten wie Chlorophyll und Bakteriochlorophyll. Sauerstoffphototrophe haben Chlorophyll, während anoxygene Phototrophen Bakteriochlorophyll aufweisen. Bakteriochlorophyll und Chlorophyll sind in der Gesamtstruktur ähnlich. Sie unterscheiden sich jedoch in den Substitutionen um den Ring sowie in der Länge und den Substitutionen am Phytolschwanz. Es gibt vier Arten von Chlorophyllen, während es sieben Arten von Bakteriochlorophyllen gibt.
