Der Hauptunterschied zwischen Startcodon und Stoppcodon besteht darin, dass das Startcodon die Trinukleotidsequenz ist, die den Beginn der Sequenz markiert, die in ein Protein übersetzt wird, während das Stoppcodon die Trinukleotidsequenz ist, die das Ende der Sequenz markiert, die in ein Protein übersetzt wird.
Der genetische Code eines Gens enthält die Anweisung, die zur Herstellung eines bestimmten Proteins erforderlich ist. Es enthält Trinukleotidsequenzen, die als Codons bekannt sind. Jedes Codon gibt eine Aminosäure an. Aminosäuren sind die Bausteine eines Proteins. Der genetische Code jedes Gens beginnt mit einem Startcodon und endet mit einem Stoppcodon. Daher markiert das Startcodon die Stelle, an der die Translation in Protein beginnt. Das Stopcodon hingegen markiert die Stelle, an der die Translation in Protein endet. Daher können wir diese beiden Codons als zwei Interpunktionszeichen im genetischen Code identifizieren. Beide sind spezifische Trinukleotidsequenzen.