Der Hauptunterschied zwischen Flusssäure und Salzsäure besteht darin, dass die Flusssäure eine schwache Säure ist, während die Salzsäure eine starke Säure ist. Die Flusssäure kann auch Wasserstoffbrückenbindungen bilden, während die Salzsäure keine Wasserstoffbrückenbindungen bilden kann.
Darüber hinaus besteht ein weiterer wichtiger Unterschied zwischen Flusssäure und Salzsäure in ihrer Molekülstruktur. Das Flusssäuremolekül hat ein Fluoridion, während das Salzsäuremolekül ein Chloridion hat. Ferner sind sowohl Flusssäure als auch Salzsäure Protonendonoren. Daher können diese Säuremoleküle in wässrigen Medien ionisieren und Protonen (H +) freisetzen. Diese Protonen verursachen die Säure im wässrigen Medium.