Der Hauptunterschied zwischen Isopentan und Neopentan besteht darin, dass das Isopentan eine viergliedrige Kohlenstoffkette mit einer an diese Kette gebundenen Methylgruppe am zweiten Kohlenstoffatom der Kette enthält, während das Neopentan ein mit vier Methylgruppen gebundenes Kohlenstoffzentrum enthält.
Isopentan und Neopentan sind Strukturisomere voneinander. Daher haben beide Verbindungen die gleiche chemische Formel; C 5 H 12. Aufgrund des Unterschieds zwischen Isopentan und Neopentan in ihren chemischen Strukturen weisen sie jedoch unterschiedliche chemische und physikalische Eigenschaften auf. Ein weiterer bemerkenswerter Unterschied zwischen Isopentan und Neopentan besteht darin, dass Isopentan als farblose Flüssigkeit vorliegt, während Neopentan bei Standardtemperatur und -druck ein farbloses Gas ist.
