Der Hauptunterschied zwischen Flagellen und Zilien besteht darin, dass die Flagellen lang sind und in ein bis acht pro Zelle vorhanden sind, während die Zilien kurz sind und in Hunderten pro Zelle vorhanden sind.
Zilien und Flagellen sind winzige Strukturen, die an eukaryotische und prokaryotische Zellen gebunden sind. Sie ragen aus der Oberfläche ihrer Zellen heraus. Diese Strukturen helfen bei der Fortbewegung einzelliger Organismen. Dementsprechend enthalten sie hauptsächlich Proteine, die als Mikrotubuli oder Basalkörper bezeichnet werden. Bei einzelligen eukaryotischen Organismen sind sowohl Zilien als auch Flagellen für die Fortbewegung von entscheidender Bedeutung. Andererseits helfen bei mehrzelligen Organismen Zilien und Flagellen bei der Bewegung von Flüssigkeiten und anderen Materialien entlang der Körperschläuche, während sie die Funktion des Bewegens einer Zelle oder einer Gruppe von Zellen erfüllen. Es gibt jedoch einen gewissen Unterschied zwischen Flagellen und Zilien. Insbesondere unterscheiden sie sich durch die Länge, Größe, das Aussehen und den Typ der Zellen, an die sie gebunden sind.
