Der Hauptunterschied zwischen Photosystem 1 und Photosystem 2 besteht darin, dass das Photosystem 1 ein Reaktionszentrum aufweist, das aus Chlorophyll besteht, einem Molekül von P700, das Licht bei einer Wellenlänge von 700 nm absorbiert. Andererseits hat das Photosystem II ein Reaktionszentrum, das Chlorophyll, ein Molekül von P680, umfasst, das Licht bei einer Wellenlänge von 680 nm absorbiert.
Photosysteme sind eine Sammlung von Chlorophyllmolekülen, akzessorischen Pigmentmolekülen, Proteinen und kleinen organischen Verbindungen. Es gibt zwei Hauptfotosysteme; Photosystem I (PS I) und Photosystem II (PS II), die in den Thylakoidmembranen von Chloroplasten in Pflanzen vorhanden sind. Beide führen die Lichtreaktion der Photosynthese durch. Dementsprechend benötigen Pflanzen im Wesentlichen beide Photosysteme. Dies liegt daran, dass das Entfernen von Elektronen aus Wasser mehr Energie benötigt als das lichtaktivierte Photosystem, das ich liefern kann. Folglich kann das Photosystem II Licht mit kürzerer Wellenlänge (höherer Energie) absorbieren und sich gleichzeitig mit PS I verbinden, wodurch ein nichtzyklischer Elektronenfluss ermöglicht wird.
