Der Hauptunterschied zwischen mitochondrialer DNA und Chloroplasten-DNA besteht darin, dass mitochondriale DNA in den Mitochondrien eukaryotischer Zellen vorhanden ist, während Chloroplasten-DNA in den Chloroplasten pflanzlicher Zellen vorhanden ist.
Mitochondrien und Chloroplasten sind zwei wichtige membrangebundene Organellen in eukaryotischen Zellen. Mitochondrien sind die Kraftwerke der Zellen. Andererseits sind Chloroplasten die Orte der Photosynthese in Pflanzen. Es wird angenommen, dass sowohl Mitochondrien als auch Chloroplasten durch Endosymbiose von prokaryotischen Zellen zu eukaryotischen Zellen stammen. Diese beiden Organellen enthalten ihre eigene DNA. Obwohl diese DNA keine Kern-DNA einer Zelle ist und für die Funktion der Zelle nicht wichtig ist, ist sie für einige ihrer eigenen Zellorganelleneigenschaften wichtig.
