Der Hauptunterschied zwischen Ektomykorrhizen und Endomykorrhizen besteht darin, dass die Pilzhyphen bei Ektomykorrhizen nicht in die kortikalen Zellen der Pflanzenwurzeln eindringen, während die Pilzhyphen bei Endomykorrhizen in die kortikalen Zellen der Pflanzenwurzeln eindringen.
Mykorrhizen sind eine wichtige symbiotische Beziehung, die zwischen Pilzen und Wurzeln höherer Pflanzen auftritt. Sowohl Pilze als auch Pflanzen profitieren von dieser Assoziation. Pilzhyphen dringen in den Boden ein und bringen Nährstoffe in die Pflanzen, während Pflanzen auch den Pilzen Vorteile bringen. Daher ist es eine ökologisch wichtige Beziehung. Am wichtigsten ist, dass Pilzhyphen mehrere Meter wachsen und Wasser und Nährstoffe, insbesondere Stickstoff, Phosphor und Kalium, zu den Wurzeln transportieren können. Darüber hinaus schützt die Mykorrhiza-Assoziation die Pflanze vor Wurzelpathogenen. Daher ist es weniger wahrscheinlich, dass Symptome eines Nährstoffmangels bei Pflanzen auftreten, die sich in diesen symbiotischen Assoziationen befinden. Es gibt zwei Arten von Mykorrhizen: Ektomykorrhizen und Endomykorrhizen.