Der Hauptunterschied zwischen mütterlichen und väterlichen DNA-Tests hängt von der Art der im Testverfahren verwendeten DNA-Quelle ab. Bei mütterlichen DNA-Tests wird mitochondriale DNA verwendet, um mütterliche Vorfahren zu erhalten, während bei väterlichen DNA-Tests Y-DNA verwendet wird, um väterliche Vorfahren zu erhalten.
Die Bestimmung der Abstammung sowohl bei Männern als auch bei Frauen ist wichtig, um familiäre Beziehungen zu bestimmen. Darüber hinaus bestimmen mütterliche und väterliche DNA-Tests auch die Identität von Personen. Einige der in dieser Analyse verwendeten molekularen Techniken sind DNA-Fingerabdruck, Short Tandem Repeats-Analyse und Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP).