Der Hauptunterschied zwischen Knock-In und Knockout beruht auf der Methode zur Erzeugung eines transgenen Organismus. Beim Gen-Knock-In erfolgt die Insertion eines neuen Gens, während beim Gen-Knockout die Entfernung eines vorhandenen Gens erfolgt, um einen transgenen Organismus zu erzeugen.
Transgene Organismen sind Organismen mit einer veränderten genetischen Konstitution. "Rekombinante Organismen" ist ein Synonym für sie. In den meisten Fällen enthalten transgene Organismen vorteilhafte Eigenschaften. Bei der Erzeugung transgener Organismen werden Gene zum Ziel. Je nach Bedarf kann ein Gen eingeführt oder entfernt werden. Gene Knock In bezieht sich auf die Einführung eines neuen Gens, während sich Gen Knockout auf die Entfernung eines Gens bezieht.