Der Hauptunterschied zwischen positiver und negativer Ionisation in der Massenspektrometrie besteht darin, dass die positive Ionisation positiv geladene Ionen bildet, während die negative Ionisation negativ geladene Ionen bildet.
Massenspektrometrie oder MS ist eine Technik in der analytischen Chemie, die das Masse-Ladungs-Verhältnis von Ionen misst. Das Endergebnis dieser Technik ist ein Massenspektrum, das als Diagramm der Intensität erscheint. Ferner ist dieses Diagramm als Funktion des Masse-Ladungs-Verhältnisses gezeichnet. Für die Massenspektrometrie verwenden wir ein Massenspektrometer. Wenn wir unsere Probe in dieses Instrument einführen, werden Probenmoleküle ionisiert. Hier ist die Wahl der richtigen Ionisationstechnik sehr wichtig, da sie einen großen Einfluss auf das Endergebnis hat. Wenn wir ein Reagenzgas verwenden, z. B. Ammoniak, führt dies dazu, dass die Ionisierung der Probenmoleküle je nach Aufbau des Instruments entweder nur positive oder nur negative Ionen bildet.