Der Hauptunterschied zwischen Porinen und Aquaporinen besteht darin, dass Porine wassergefüllte Poren und Kanäle sind, die sich in den Membranen von Bakterien und Eukaryoten befinden. Inzwischen sind Aquaporine Membranproteine, die in lebenden Zellen wasserselektive Kanäle bilden.
In lebenden Organismen gelangen verschiedene Moleküle über die Plasmamembran in die Zelle hinein und aus dieser heraus. Somit gibt es verschiedene Membranproteine in der Plasmamembran, um die in die Zellen eintretenden und aus ihnen austretenden Moleküle aufrechtzuerhalten und zu regulieren. Porine und Aquaporine sind zwei solche Arten von Membranproteinen. Von diesen sind die Porine wassergefüllte Poren, die den Transport von hydrophilen Molekülen durch die Membran erleichtern. Inzwischen sind Aquaporine wasserselektive Kanäle, durch die Wasser frei durch die Membran fließen kann.
