Der Hauptunterschied zwischen Proteomik und Metabolomik besteht darin, dass Proteomik die Untersuchung aller Proteine eines Organismus ist, während Metabolomik die Untersuchung aller Metaboliten eines Organismus ist.
Genomik ist die Untersuchung des Erbguts eines Organismus. Proteomics und Metabolomics sind zwei Omic-Wissenschaften im Zusammenhang mit Genomics. Proteom bezieht sich auf alle Proteine in einer Zelle oder einem Organismus. Das Metabolom bezieht sich dagegen auf alle Metaboliten eines Organismus. Somit ist die Untersuchung des Proteoms die Proteomik, während die Untersuchung des Metaboloms die Metabolomik ist. Sowohl die Proteomik als auch die Metabolomik sind wichtig für die Krankheitsdiagnostik sowie für die Charakterisierung und das Screening von Organismen. Darüber hinaus sind beide in vielen Aspekten der Zellbiologie miteinander verbunden, insbesondere in Bezug auf Zellsignalisierung, Proteinabbau und -erzeugung sowie posttranslationale Modifikation.
