Der Hauptunterschied zwischen Kongener und Isomer besteht darin, dass sich der Kongener auf chemische Verbindungen mit ähnlichen Strukturen und ähnlichen Eigenschaften bezieht. Unterdessen bezieht sich Isomer auf Moleküle mit der gleichen chemischen Formel, aber unterschiedlichen Strukturen.
Die Begriffe Kongener und Isomer beziehen sich auf Gruppen von Verbindungen, die nach ihren Ähnlichkeiten gruppiert sind. Der Begriff Kongener kann unterschiedliche Definitionen haben, aber in der Chemie verwenden wir meistens die Definition, dass Kongenere chemische Verbindungen mit ähnlichen Strukturen und ähnlichen Eigenschaften sind. Isomere sind andererseits Verbindungen mit unterschiedlichen Strukturen, aber ähnlicher Atomzusammensetzung; Daher haben sie auch unterschiedliche Eigenschaften.
