Der Hauptunterschied zwischen Cyanobakterien und Proteobakterien kann nicht spezifisch abgeleitet werden. Cyanobakterien, bekannt als Blaualgen, sind jedoch vollständig photosynthetisch, während Proteobakterien aus einer Vielzahl von gramnegativen Organismen bestehen, von denen einige Organismen photosynthetisch sind.
Obwohl Cyanobakterien und Proteobakterien aufgrund ihrer Fähigkeit zur Photosynthese viele gemeinsame Merkmale aufweisen, können sie sich voneinander unterscheiden. Sie sind jedoch sowohl industriell wichtige Organismen als auch krankheitsverursachende Organismen.