Der Hauptunterschied zwischen Morbus Paget und Ekzem besteht darin, dass Morbus Paget eine fokale Störung des Knochenumbaus ist und Ekzem ein entzündlicher Zustand der Haut ist, der durch Gruppen von vesikulären Läsionen mit unterschiedlichem Grad an Exsudaten und Schuppenbildung gekennzeichnet ist.
Die Paget-Krankheit tritt aufgrund der Mutationen in bestimmten Genen wie dem Kernfaktor Kappa B, dem Sequestosom p62 und dem Osteoprotegerin auf. Andererseits tritt ein Ekzem als Folge der Überempfindlichkeitsreaktionen auf, die gegen verschiedene Allergene auftreten. Dieser Unterschied in der Pathogenese ist der Hauptunterschied zwischen den beiden Krankheiten.