Der Hauptunterschied zwischen cis- und trans-Fettsäuren besteht darin, dass die cis-Fettsäuren zwei Wasserstoffatome aufweisen, die an die Doppelbindung auf derselben Seite der Kohlenstoffkette gebunden sind, während die trans-Fettsäuren die beiden Wasserstoffatome aufweisen, die an die Doppelbindung im Gegenteil gebunden sind Seiten der Kohlenstoffkette.
Fettsäuren sind Carbonsäuren mit langen aliphatischen Kohlenstoffketten, die entweder gesättigt oder ungesättigt sind. Dies bedeutet, dass die aliphatische Kette Doppelbindungen zwischen den Kohlenstoffatomen enthalten kann oder nicht. Cis- und trans-Fettsäuren sind zwei Formen ungesättigter Fettsäuren.