Der Hauptunterschied zwischen hnRNA und mRNA besteht darin, dass hnRNA das unverarbeitete vorzeitige mRNA-Transkript ist, das Introns enthält, während mRNA die verarbeitete RNA ist, die keine Introns enthält.
Es gibt verschiedene Arten von RNA, und hnRNA und mRNA sind zwei Arten von ihnen. Heterogene Kern-RNA, auch als Prä-mRNA bekannt, ist eine Art primäres Transkript, das im Kern produziert wird. Sobald Prä-mRNA hergestellt ist, wird sie posttranskriptionell zu funktioneller mRNA verarbeitet, die im Zytoplasma in ein Protein übersetzt werden kann. Daher wird hnRNA aus einer DNA-Matrize synthetisiert und ist vor der Verarbeitung eine neu gebildete RNA. mRNA ist die RNA-Sequenz, die die genetische Information trägt, um ein Protein zu produzieren. Es ist eine Form von RNA nach der Verarbeitung. Darüber hinaus transportiert mRNA genetische Codons von der DNA im Kern zu den Ribosomen für die Proteinsynthese.