Der Hauptunterschied zwischen Stomata und Schutzzellen besteht darin, dass die Stomata Poren sind, die sich auf der Epidermis von Blättern, Stängeln usw. befinden, während die Schutzzellen die Zellen sind, die das Öffnen und Schließen von Stomata umgeben und regulieren.
Atmung und Photosynthese sind zwei wichtige Prozesse in Pflanzen. In beiden Prozessen ist der Gasaustausch wichtig. Stomata und Schutzzellen erleichtern diesen Gasaustausch in Pflanzen. Hier sind die Schutzzellen Parenchymzellen und sie sind die Zellen, die Stomata umgeben. Schutzzellen steuern die Transpiration, ein wesentlicher Prozess von Pflanzen, die Pflanzen gesund halten. Darüber hinaus enthalten die Schutzzellen Chlorophylle. Daher sind sie auch zur Photosynthese fähig.