Der Hauptunterschied zwischen Zooplankton und Phytoplankton besteht darin, dass das Zooplankton heterotropes, nicht photosynthetisierendes Plankton ist, das entweder Protozoen oder ein Tier ist, während das Phytoplankton autotrophe photosynthetische Planktone sind, die entweder eine Kieselalge, Cyanobakterien oder Algen sind.
Planktons sind die winzigen Organismen, die in den Ozeanen, Meeren oder Süßwasserkörpern leben und schwimmen. Die meisten von ihnen sind mikroskopisch klein und wichtige Nahrungsquellen für größere Tiere. Es gibt zwei Haupttypen von Plankton, nämlich Zooplankton und Phytoplankton. Zooplanktons sind heterotrop und umfassen Tiere, die nicht zur Photosynthese fähig sind. Andererseits ist Phytoplankton photosynthetisches Plankton, das autotrophe ist. Außerdem speichern Phytoplanktonen Energie über Photosynthese und Zooplankton und Nekton (Großkörpertiere, die sich aktiv in der Wassersäule bewegen) ernähren sich von diesen. Menschen und andere Raubtiere ernähren sich in großem Maßstab von Nekton und etwas größerem Zooplankton. Auch die menschlichen Aktivitäten wie Umweltverschmutzung wirken sich weitgehend negativ auf diesen Energiefluss aus, der vom Phytoplankton ausgeht.