Der Hauptunterschied zwischen genetischer Entfernung und physischer Entfernung ist die Art der Sequenz, die bei der Analyse der Entfernung zwischen zwei Populationen derselben Art verwendet wird. Der genetische Abstand misst die genetische Divergenz zwischen Arten oder zwischen Populationen innerhalb einer Art, während der physikalische Abstand die Anzahl der Nukleotide zwischen den beiden Markern misst.
Genetische Distanz und physische Distanz bieten einen Einblick in die evolutionären Beziehungen zwischen zwei Populationen einer Art. Entfernungskarten ermöglichen daher die Verknüpfung von Populationen basierend auf genetischen Daten. Genomsequenzierung und Bioinformatik-Analyse spielen eine wichtige Rolle bei der Bestimmung sowohl genetischer als auch physikalischer Entfernungen.