Der Hauptunterschied zwischen Mikronukleus und Makronukleus besteht darin, dass der Mikronukleus der kleinere Kern ist, der das Keimbahngenom der Ciliatenprotozoen enthält, während der Makronukleus der größte Kern ist, der das somatische Genom der Ciliatenprotozoen enthält.
Nuklearer Dimorphismus ist das Phänomen, dass zwei verschiedene Arten von Kernen in derselben Zelle vorhanden sind. Es ist ein besonderes Merkmal, das in Protozoen-Ciliaten und einigen Foraminiferen vorhanden ist. Diese beiden Kerne sind der Makronukleus und der Mikronukleus. Sie enthalten separate Genome. Der Makronukleus ist der größere, der den Metabolismus der Ciliatenprotozoen steuert, während der Mikronukleus der kleinere ist, der Fortpflanzungsfunktionen ausübt und den Makronukleus erzeugt.
