Der Hauptunterschied zwischen Auxotrophen und Prototrophen besteht darin, dass Auxotrophe mutierte Mikroorganismen sind, die die Fähigkeit verloren haben, eine bestimmte organische Verbindung zu produzieren, die für ihr Wachstum erforderlich ist, während Prototrophe Wildtyp-Mikroorganismen sind, die alle erforderlichen organischen Verbindungen produzieren können.
Mikroorganismen zeigen unterschiedliche Ernährungsweisen. Insbesondere Bakterien haben unterschiedliche Fähigkeiten. Einige Bakterien sind in der Lage, Photosynthese zu betreiben und ihre eigene Nahrung zu produzieren, während einige Bakterien in symbiotischen Beziehungen zu ihrem Wirtsorganismus leben und Nährstoffe erhalten. Darüber hinaus bauen einige Bakterien organische Stoffe ab und nehmen Nährstoffe auf. Auxotrophe und Prototrophe sind zwei Gruppen von Mikroorganismen, die sich aufgrund ihrer Fähigkeit unterscheiden, organische Verbindungen für ihr Wachstum herzustellen. Prototrophe können alle für ihr Wachstum erforderlichen organischen Verbindungen synthetisieren, während Autotrophe aufgrund einer Mutation keine bestimmte organische Verbindung produzieren können, die für ihr Wachstum wesentlich ist.