Der Hauptunterschied zwischen Mycoplasma und Chlamydien besteht darin, dass Mycoplasma eine Bakteriengattung ist, der eine Zellwand fehlt, während Chlamydien eine Bakteriengattung sind, die gramnegative und obligate Parasiten umfasst.
Mycoplasma-Arten sind die kleinsten Bakterien, die bisher entdeckt wurden, mit den kleinsten Genomen und einer minimalen Anzahl hoch essentieller Organellen. Mycoplasma ist ein wandloses Bakterium. Daher haben sie keine bestimmte Form. Im Allgemeinen sind sie kugelförmige bis filamentös geformte Zellen. Im Gegensatz dazu ist Chlamydien eine Bakteriengattung mit Zellwänden. Sie sind gramnegative Bakterien. Sowohl Mycoplasma als auch Chlamydien verursachen sexuell übertragbare Krankheiten. Darüber hinaus verursachen sie ähnliche Symptome, können jedoch mit verschiedenen Antibiotika behandelt werden.