Der Hauptunterschied zwischen Kohlenstoffkreislauf und Phosphorkreislauf besteht darin, dass der Kohlenstoffkreislauf der biogeochemische Kreislauf ist, der die Bewegung von Kohlenstoff durch die Lithosphäre, Hydrosphäre, Biosphäre und Atmosphäre beschreibt. Währenddessen beschreibt der Phosphorkreislauf die Bewegung von Phosphor durch die Lithosphäre, Hydrosphäre und Biosphäre.
Kohlenstoff, Stickstoff und Phosphor sind drei Hauptelemente, die für alle Lebewesen wichtig sind. Die Zirkulation dieser Elemente über biotische und abiotische Komponenten, die in den Ökosystemen oder in der Umwelt vorhanden sind, wird durch ihre biogeochemischen Zyklen beschrieben. Der Kohlenstoffkreislauf erklärt die Zirkulation von Kohlenstoffelementen durch Luft, Boden und Wasser, während der Phosphorkreislauf das Verhalten von Phosphor durch Boden und lebende Organismen erklärt. Einer der wichtigen Unterschiede zwischen Kohlenstoffkreislauf und Phosphorkreislauf besteht darin, dass sich Kohlenstoff hauptsächlich durch die Atmosphäre bewegt, während Phosphor nicht mit der Atmosphäre interagiert.