Der Hauptunterschied zwischen Chemoorganotrophen und Chemolithotrophen besteht darin, dass Chemoorganotrophe Organismen sind, die Elektronen aus organischen Verbindungen erhalten, während Chemolithotrophe Organismen sind, die Elektronen aus anorganischen Verbindungen erhalten.
Lebende Organismen können in Bezug auf den Ernährungsmodus basierend auf der Energiequelle und dem Kohlenstoff in mehrere Kategorien eingeteilt werden. Es gibt Energiequellen wie Sonnenlicht und organische Verbindungen. In ähnlicher Weise gibt es zwei Arten von Kohlenstoffquellen als anorganischen Kohlenstoff und organischen Kohlenstoff. Die vier Hauptkategorien sind Photoautotrophen, Photoheterotrophen, Chemoautotrophen und Chemoheterotrophen. Darüber hinaus gibt es basierend auf der primären Quelle des reduzierenden Äquivalents zwei Kategorien als Organotrophe und Lithotrophe. Chemoorganotrophe und Chemolithotrophe sind zwei Gruppen, die Energie aus dem Brechen chemischer Verbindungen verbrauchen. Sie unterscheiden sich jedoch aufgrund des Elektronendonors voneinander. Die Quelle des Elektronendonors sind organische Verbindungen in Chemoorganotrophen, während die Quelle des reduzierenden Äquivalents in Chemolithotrophen anorganisch ist.