Unterschied Zwischen Sonde Und Primer

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Zuletzt bearbeitet: 2023-12-16 08:37

Hauptunterschied - Sonde gegen Primer

Die molekulare Sonde ist ein kleines DNA- oder RNA-Fragment, das die komplementären Sequenzen in DNA oder RNA erkennt und die Identifizierung der Zielsequenz ermöglicht. Der Primer ist ein kleiner DNA- oder RNA-Abschnitt, der als Ausgangspunkt für die DNA-Synthese dient. Primer und Sonden hybridisieren mit den komplementären Nukleotiden der Matrizen-DNA oder der Ziel-DNA. Der Hauptunterschied zwischen Sonde und Primer besteht jedoch darin, dass Primer für die DNA-Replikation erforderlich sind, während Sonden für den Nachweis spezifischer Sequenzen in der Proben-DNA erforderlich sind.

INHALT

1. Übersicht und Hauptunterschied

2. Was ist Sonde

3. Was ist Primer

4. Nebeneinander Vergleich - Sonde gegen Primer

5. Zusammenfassung

Was ist eine Sonde?

Die Sonde ist ein kleines Fragment von DNA oder RNA, das zum Nachweis der Ziel-DNA oder -RNA in der Probe durch molekulare Hybridisierung verwendet wird. Sie sind auch als molekulare Marker bekannt. Die Länge der Sonde kann variieren (100 bis 1000 Basen), und Sondennukleotide sind komplementär zu dem Teil der Zielsequenz. Zur Erleichterung des Nachweises sind Sonden mit radioaktiven Isotopen oder mit fluoreszierenden Farbstoffen oder Antikörpern markiert. Die Sonden binden an die komplementären Basen der Zielsequenz und zeigen das Vorhandensein der Ziel-DNA oder -RNA in der Probe. Es gibt zwei Hauptmethoden zum Markieren von Sonden: Endmarkierung und Nick-Translation. Die Sonden werden in verschiedene Typen eingeteilt, einschließlich DNA-Sonden, RNA-Sonden, cDNa-Sonden und synthetische Oligonukleotidsonden, und sie werden unter Verwendung verschiedener Techniken hergestellt.

Sonden sind wichtige Werkzeuge in vielen mikrobiellen und molekularen Bereichen wie Virologie, forensische Pathologie, Vaterschaftstests, DNA-Fingerabdruck, Erkennung genetischer Krankheiten, RFLP, molekulare Zytogenetik, In-situ-Hybridisierung usw.

Abbildung 01: Fluoreszenzmarkierte Sonde, die in FISH zum Nachweis von Krankheitserregern verwendet wird

Was ist eine Grundierung?

Der Primer ist ein kurzes DNA- oder RNA-Fragment, das als Initiator für die DNA-Synthese dient. Das DNA-Polymeraseenzym fügt der 3'-OH-Gruppe der Primersequenz Nukleotide hinzu und synthetisiert den neuen Strang, der zur Matrizen-DNA komplementär ist. Primer sind sehr kurze Fragmente mit einer Länge von 18 bis 20 Nukleotiden. Sie werden im Labor zur In-vitro-DNA-Amplifikation (PCR) chemisch synthetisiert. Primer können eine beliebige Sequenz von Nukleotiden aufweisen, da sie vom Benutzer entworfen wurden. Sie werden synthetisiert, um mit den komplementären Basen der Matrizen-DNA übereinzustimmen. Daher kann es eine beliebige Sequenz von Nukleotiden aufweisen. Primer sind für die DNA-Replikation von größter Bedeutung, da die DNA-Polymerase ohne ein bereits vorhandenes DNA-Stück keine neue DNA synthetisieren kann. Bei der Entwicklung der Primer für die PCR müssen folgende Aspekte berücksichtigt werden:

Primer sollten die komplementären Nukleotide zum flankierenden Ende der DNA enthalten, die amplifizieren soll.
Primer sollten eine Schmelztemperatur zwischen 55 - 65 ⁰ C haben
Der G- und C-Gehalt sollte zwischen 50 und 60% liegen.

Bei der PCR werden zwei Primer vorwärts und rückwärts verwendet, um beide Stränge der Proben-DNA zu replizieren. Primer werden üblicherweise zur Durchführung von PCR und DNA-Sequenzierung verwendet.

Abbildung 02: Primer-Annealing in der PCR

Was ist der Unterschied zwischen Sonde und Primer?

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Sonde gegen Primer
Die Sonde ist ein kleines DNA / RNA-Fragment, das zum Nachweis des Vorhandenseins der Zielsequenz in einer Probe durch molekulare Hybridisierung verwendet wird.	Der Primer ist ein kleiner DNA- oder RNA-Abschnitt, der als Ausgangspunkt für die DNA-Replikation dient.
Funktion
Dies erkennt das Vorhandensein einer spezifischen Sequenz in der DNA- oder RNA-Probe.	Dies dient als Ausgangspunkt für die DNA-Synthese.
Länge
Die Länge kann im Bereich von 100 - 1000 Basen liegen	Die Länge beträgt im Allgemeinen etwa 18 - 20 Basen
Bindung mit komplementärer Sequenz
Die Sonde hybridisiert mit den komplementären Basen der Zielsequenz	Der Primer bindet mit den komplementären Basen der DNA-Stränge.
Beschriftung
Die Sonden sind zur leichteren Erkennung gekennzeichnet	Primer sind im Allgemeinen nicht markiert
Verwendung in der PCR
Sonden werden in der PCR nicht verwendet	Primer werden in der PCR verwendet

Zusammenfassung - Sonde gegen Primer

Die Sonde ist ein kleines Fragment einer DNA- oder RNA-Sequenz, das mit komplementären Nukleotiden hybridisiert werden kann, um eine Zielsequenz in der Probe nachzuweisen. Die Sonden werden radioaktiv, immunologisch oder fluoreszierend markiert, um das Vorhandensein einer Zielsequenz festzustellen. Der Primer ist ein sehr kleines DNA- oder RNA-Fragment, das als Ausgangspunkt für die In-vitro-DNA-Amplifikation dient. Die DNA-Polymerase identifiziert den Primer der 3'-OH-Gruppe und initiiert den Aufbau eines neuen Strangs, der zur Matrize komplementär ist. Sonden und Primer arbeiten ähnlich, indem sie mit komplementären Nukleotiden hybridisieren. Somit ist der Hauptunterschied zwischen Sonde und Primer ihre Hauptfunktion.