Der Hauptunterschied zwischen Plastochinon und Plastocyanin besteht darin, dass Plastochinon ein lipophiles Trägermolekül ist, das Elektronen über den Cytochrom-b6f-Proteinkomplex auf Plastocyanin überträgt. Plastocyanin ist jedoch ein kleines wasserlösliches Blau-Kupfer-Protein, das ein Elektronenpaar aus dem Cytochrom-b 6 f-Komplex aufnimmt und es an das Photosystem I im Thylakoidraum weiterleitet.
Die Photosynthese hat zwei Arten von Reaktionen als lichtabhängige Reaktionen und lichtunabhängige Reaktionen. Diese beiden Arten von Photosystemen spielen eine wichtige Rolle bei lichtabhängigen Reaktionen. Sie sind Photosystem I und II. Photosysteme sind große Komplexe von Proteinen und Pigmenten oder lichtabsorbierenden Molekülen. Sie fangen Energie aus dem Sonnenlicht ein. P700 ist das Reaktionszentrum von Photosystem I, während P680 das Reaktionszentrum von Photosystem II ist. Jedes Photosystem absorbiert Licht und erzeugt ATP durch Photophosphorylierung. Sie produzieren auch NADPH. An den lichtabhängigen Reaktionen sind verschiedene Arten von Elektronenakzeptoren beteiligt. Plastochinon und Plastocyanin sind zwei Arten von Molekülen, die an der Elektronentransportkette beteiligt sind.
