Der Hauptunterschied zwischen Glyoxysomen und Peroxisomen besteht darin, dass Glyoxysomen nur in Pflanzenzellen und Fadenpilzen vorhanden sind, während Peroxisomen in fast allen eukaryotischen Zellen vorhanden sind. Glyoxysomen sind in Pflanzenzellen keimender Samen reichlich vorhanden, während Peroxisomen in Leber- und Nierenzellen reichlich vorhanden sind.
Diese beiden Organellen sind Mikrokörper, die in eukaryotischen Zellen vorhanden sind. Glyoxysomen sind spezialisierte Peroxisomen, die nur in Pflanzenzellen und Fadenpilzen vorkommen. Peroxisomen sind Organellen, die helfen, lange Fettsäureketten abzubauen und die Zelle zu entgiften. Sie bauen Alkohole und andere schädliche Verbindungen ab.