Der Hauptunterschied zwischen Endopeptidase und Exopeptidase besteht darin, dass die Endopeptidase Peptidbindungen innerhalb der Proteinmoleküle aufbricht, während die Exopeptidase Peptidbindungen an den Enden der Proteinmoleküle spaltet.
Proteine sind wichtige Makromoleküle, die für die meisten biochemischen Reaktionen in allen Organismen essentiell sind. Verschiedene Aminosäuren verbinden sich und bilden diese Proteine. Darüber hinaus katalysieren Enzyme die Hydrolyse von Proteinen zurück zu Aminosäuren. Sie sind spezifische Enzyme, die als Proteasen oder Peptidasen bezeichnet werden. Daher haben sie die Fähigkeit, Peptidketten von Proteinen in Aminosäuren zu zerlegen. Darüber hinaus können Peptidasen Endopeptidasen oder Exopeptidasen sein.