Der Hauptunterschied zwischen Maltose und Isomaltose besteht darin, dass die Maltose zwei Glucoseeinheiten aufweist, die über eine Alpha-1-4-Bindung miteinander verbunden sind, während die Isomaltose zwei Glucoseeinheiten aufweist, die über eine Alpha-1-6-Bindung miteinander verbunden sind.
Maltose ist ein Disaccharid. Dies bedeutet, dass zwei Zuckereinheiten miteinander verbunden sind. Im Fall von Maltose und Isomaltose ist die Zuckereinheit ein Glucosemolekül. Daher unterscheiden sich diese beiden Formen von Disacchariden gemäß der chemischen Bindung zwischen den beiden Glucoseeinheiten voneinander. Beide Zuckerformen reduzieren jedoch den Zucker.