Der Hauptunterschied zwischen Gelfiltration und Gelpermeationschromatographie besteht darin, dass die mobile Phase der Gelfiltrationschromatographie eine wässrige Lösung ist, während die mobile Phase der Gelpermeationschromatographie ein organisches Lösungsmittel ist.
Sowohl die Gelfiltration als auch die Gelpermeationschromatographie fallen unter die Kategorie der Größenausschlusschromatographie, bei der wir die Moleküle in einer Lösung in Abhängigkeit von ihrer Größe trennen können. Das heißt, manchmal können wir die Moleküle nach ihrem Molekulargewicht trennen. Normalerweise verwenden wir diese Techniken, um komplexe Moleküle wie Proteine zu trennen und im industriellen Maßstab Polymermaterialien zu trennen. Der Hauptunterschied zwischen Gelfiltration und Gelpermeationschromatographie liegt in der mobilen Phase, die wir in jeder Technik verwenden.