Der Hauptunterschied zwischen Endosymbiose und Invagination besteht darin, dass Endosymbiose eine Theorie ist, die den Ursprung von Mitochondrien und Chloroplasten innerhalb der eukaryotischen Zelle erklärt, während die Invagination ein Prozess ist, der den Ursprung des Kerns und anderer Zellorganellen durch die Bildung einer Invagination aus dem Plasma erklärt Membran zum Zellinneren.
Wissenschaftler glauben, dass sich eukaryotische Zellen aus prokaryotischen Zellen entwickelt haben. Sie haben viele Theorien entwickelt, um zu erklären, wie diese Entwicklung stattgefunden hat. Endosymbiose ist eine solche Theorie, die den Ursprung von Mitochondrien und Chloroplasten in den eukaryotischen Zellen der prokaryotischen Bakterien erklärt. Während die Invagination ein Prozess ist, der den Ursprung des Kerns und anderer membrangebundener Organellen innerhalb der eukaryotischen Zelle erklärt.