Der Hauptunterschied zwischen Allogamie und Autogamie besteht darin, dass Allogamie die Fusion von männlichen und weiblichen Gameten ist, die von zwei verschiedenen Individuen stammen, während Autogamie die Fusion von männlichen und weiblichen Gameten desselben Individuums ist. Ein weiterer Unterschied zwischen Allogamie und Autogamie in Bezug auf die produzierten Nachkommen besteht darin, dass die Allogamie einen genetisch unterschiedlichen Nachwuchs hervorbringt, während die Autogamie einen genetisch identischen Nachwuchs hervorbringt.
Die Fusion eines männlichen Gameten mit einem weiblichen Gameten ist eine Befruchtung. Durch die Befruchtung entsteht eine Zygote, die sich dann teilt, um einen neuen Nachwuchs zu produzieren. Darüber hinaus kann die Befruchtung zwei Arten sein; Selbstbefruchtung oder gegenseitige Befruchtung. Allogamie ist ein Synonym für gegenseitige Befruchtung und Autogamie ist ein Synonym für Selbstbefruchtung.
