Der Hauptunterschied zwischen Genokopie und Phänokopie besteht darin, dass bei Genokopien Phänotypen Ähnlichkeit aufweisen und sich der Genotyp ändert, während bei Phänokopie die Phänotypen variieren und der Genotyp unverändert bleibt.
Die Ungleichheit zwischen Genokopie und Phänokopie erklärt die seltenen Vorkommen der Genetik. Die beiden Konzepte zeigen, wie die traditionelle Genetik oder die Mendelsche Genetik je nach Ausnahmen in der Natur variieren können. Genokopie bezieht sich auf das Phänomen, trotz eines anderen Genotyps einen ähnlichen Phänotyp zu erhalten. Im Gegensatz dazu bezieht sich Phänokopie auf das Phänomen, unterschiedliche Phänotypen zu haben, obwohl der Genotyp unverändert bleibt.