Der Hauptunterschied zwischen Epistase und Pleiotropie besteht darin, dass Epistase das Phänomen ist, bei dem ein Gen an einem Ort die phänotypische Expression eines Gens an einem anderen Ort verändert, während Pleiotropie das Phänomen erklärt, bei dem ein einzelnes Gen mehrere phänotypische Merkmale beeinflusst.
Epistase und Pleiotropie sind zwei Phänomene in der Genetik. Epistase tritt auf, wenn mehr als ein Gen einen einzelnen Phänotyp bestimmt. Daher beeinflusst bei der Epistase ein Gen die Expression eines anderen Gens, das sich an einem anderen Ort befindet. Im Gegensatz dazu tritt Pleiotropie auf, wenn ein Gen mehrere Phänotypen bestimmt. Daher trägt ein Gen zu mehreren Merkmalen bei. Sowohl Epistase als auch Pleiotropie sind Variationen der Mendelschen Vererbung.