Der Hauptunterschied zwischen chemischer und organischer Evolution besteht darin, dass die chemische Evolution aufgrund von Änderungen in der Struktur der Moleküle stattfindet; von komplexen Molekülen zu einfachen Molekülen im Laufe der Zeit, während die organische Evolution aufgrund der Veränderungen in der genetischen Zusammensetzung von Populationen von Organismen als Reaktion auf Umweltveränderungen stattfindet.
Der Unterschied zwischen chemischer und organischer Evolution kann leicht anhand des Aspekts beschrieben werden, den sich während der Evolution der Erde ändern müssen. Während der chemischen Evolution unterliegen die Biomoleküle Veränderungen in verschiedenen Stadien, was die Komplexität der Biomoleküle erhöht. Während der organischen Evolution ändern sich einzelne Arten von Generation zu Generation allmählich. Die chemische Evolution entstand vor der organischen Evolution.