Der Hauptunterschied zwischen Nabelschnurblut- und Knochenmarkstammzellen besteht darin, dass die Nabelschnurblutstammzellen die hämatopoetischen Zellen sind, die nach der Entbindung in der Nabelschnur des Neugeborenen vorhanden sind, während die Knochenmarkstammzellen die im Knochenmark vorhandenen Stammzellen sind Gewebe von Individuen.
Die Stammzelltransplantation ist ein übliches therapeutisches Verfahren, bei dem ein Patient eine Dosis blutbildender (Stamm-) Zellen erhält, um seine eigenen zerstörten Zellen durch Krankheit oder andere therapeutische Verfahren zu ersetzen. Sowohl Nabelschnurblutstammzellen als auch Knochenmarkstammzellen dienen therapeutischen Zwecken (Transplantationen). Daher besteht eine übliche Verwendung dieser Stammzellen darin, die ungesunden Zellen durch gesunde zu ersetzen. Klinisch gesehen sind Nabelschnurzellen und Knochenmarkszellen die häufigsten Quellen für gesunde Zellen.