Der Hauptunterschied zwischen Oomyceten und Zygomyceten besteht darin, dass die Oomyceten kein Chitin an ihren Zellwänden enthalten, sondern Cellulose, Beta-Glucane und Aminosäurehydroxyprolin, während Zygomyceten Chitosan an ihren Zellwänden enthalten. Ein weiterer Unterschied zwischen Oomyceten und Zygomyceten besteht darin, dass der vegetative Zustand von Oomyceten diploid ist, während die Zygomyceten haploide oder dikaryotisch sind.
Oomyceten und Zygomyceten sind mikroskopisch kleine eukaryotische Organismen. Oomyceten ähneln echten Pilzen. Aber es sind Wasserformen. Zygomyceten sind eine Hauptklasse von Phylum Zygomycota, die echte Pilze sind. Sie sind allgegenwärtige, saprophytische Umweltpilze.