Der Hauptunterschied zwischen Synthon und synthetischem Äquivalent besteht darin, dass Synthon eine Einheit einer chemischen Verbindung ist, die durch einen bekannten Synthesevorgang gebildet werden kann, während synthetisches Äquivalent ein Reagenz ist, das die Funktion eines Synthons erfüllt.
Die Begriffe Synthon und synthetisches Äquivalent fallen unter den Zweig der retrosynthetischen Analyse. Diese Technik ist nützlich, um die Probleme zu lösen, die bei der Planung eines organischen Synthesevorgangs auftreten. Bei dieser Analysetechnik müssen wir ein Zielmolekül ohne den Effekt der Wechselwirkung eines Reagens in eine einfache Struktur umwandeln. Manchmal verwenden wir die Begriffe Synthon und synthetisches Äquivalent synonym, aber es handelt sich um zwei verschiedene Komponenten.