Der Hauptunterschied zwischen Apicomplexia und Ciliophora besteht darin, dass Apicomplexia ein Subphylum von Protozoen ist und Organismen mit einem apikalen Komplex umfasst, während Ciliophora ein weiteres Subphylum von Protozoen ist, das Organismen mit Zilien umfasst.
Protozoen sind eine der beiden Hauptgruppen des Königreichs Protista. Die andere Gruppe sind Algen. Protozoen sind einzellige Tiere wie eukaryotische Organismen. Sie gehören zu vier Klassen: Sarcodina (Amöben), Ciliophora (Ciliaten), Zoomastigophora (Flagellaten) und Apicomplexa. Apikomplexien besitzen eine Struktur, die als apikaler Komplex bekannt ist, während Ciliophora-Mitglieder Tausende von Zilien auf der Oberfläche des Organismus haben.
