Der Hauptunterschied zwischen der Basenpaarung von Watson und Crick und Hoogsteen besteht darin, dass die Basenpaarung von Watson und Crick die Standardmethode ist, die die Bildung von Basenpaaren zwischen Purinen und Pyrimidinen beschreibt. Inzwischen ist die Hoogsteen-Basenpaarung ein alternativer Weg zur Bildung von Basenpaaren, bei denen das Purin eine andere Konformation in Bezug auf Pyrimidin annimmt.
Ein Nukleotid besteht aus drei Komponenten: einer stickstoffhaltigen Base, einem Pentosezucker und einer Phosphatgruppe. Es gibt fünf verschiedene stickstoffhaltige Basen und zwei Pentosezucker, die an der Struktur von DNA und RNA beteiligt sind. Wenn diese Nukleotide eine Nukleotidsequenz bilden, bilden komplementäre Basen, entweder Purine oder Pyrimidine, Wasserstoffbrücken zwischen ihnen. Dies ist als Basenpaarung bekannt. Daher wird ein Basenpaar gebildet, indem zwei stickstoffhaltige Basen durch Wasserstoffbrücken verbunden werden. Die Basenpaarung von Watson und Crick ist der klassische oder Standardansatz, während die Hoogsteen-Basenpaarung eine alternative Methode zur Bildung von Basenpaaren darstellt.
