Der Hauptunterschied zwischen Syntenie und Kollinearität besteht darin, dass Syntenie die physikalische Co-Lokalisierung genetischer Loci auf demselben Chromosom in Spezies ist, während Kollinearität die physikalische Co-Lokalisierung genetischer Loci auf demselben Chromosom in verschiedenen Spezies ist, wobei dieselbe Reihenfolge erhalten bleibt.
Syntenie und Kollinearität sind zwei Begriffe, die in der Genomik synonym verwendet werden. Beide Begriffe beschreiben die Genlokalisierungsmuster auf Chromosomen in verschiedenen Spezies. Diese verwandten Genanordnungen unter den Taxa sind wertvolle Informationen, wenn auf gemeinsame Vorfahren von Genen geschlossen wird. Syntenie bezieht sich auf die physikalische Co-Lokalisierung genetischer Loci auf demselben Chromosom in Spezies. Kollinearität bezieht sich auf die physikalische Co-Lokalisierung genetischer Loci auf demselben Chromosom in verschiedenen Spezies, wobei dieselbe Ordnung erhalten bleibt. Daher ist es eine Form der Syntenie.
