Der Hauptunterschied zwischen Cosmid und Phagemid liegt in der Art der darin enthaltenen Sequenzen. Ein Cosmid enthält eine cos-Stelle und ein Plasmid. Daher ist es ein Hybridvektor, während ein Phagemid ein Plasmid ist, das einen F1-Replikationsursprung des F1-Phagen enthält.
Cosmide und Phagemide werden zu Klonierungszwecken verwendet, insbesondere zum Klonen größerer DNA-Fragmente. Diese werden häufig verwendet, insbesondere bei der Klonierung von Genen, die für die Produktion verschiedener Proteine verantwortlich sind. Cosmide und Phagemide werden entweder alleine als Plasmide repliziert oder in virale Partikel verpackt und dann repliziert.
