Der Hauptunterschied zwischen der Verdauung von Heterotrophen und Saprotrophen besteht darin, dass die Verdauung von Heterotrophen intrazellulär ist, während die Verdauung von Saprotrophen extrazellulär ist.
Die Verdauung ist ein wichtiger Prozess für das Überleben von Organismen. Durch diesen Prozess werden Nährstoffe zur Absorption durch die Organismen verfügbar. Die heterotrophe Verdauung ist der Prozess der intrazellulären Verdauung in Organismen, die von biologischen Lebensmitteln abhängen. Saprotrophe Verdauung ist der Prozess der extrazellulären Verdauung, bei dem die Organismen von abgestorbener organischer Substanz abhängen. Sowohl die Verdauung von Heterotrophen als auch von Saprotrophen ist wichtig für das Überleben der Biosphäre. Heterotrophe hängen von organischen Stoffen aus Pflanzen und anderen tierischen Quellen ab. Andererseits hängen Saprotrophe für ihre Ernährung direkt von abgestorbener organischer Substanz ab. Daher hilft das Erlernen dieser Verdauungsmuster bei der Untersuchung der Ernährungsbeziehungen in Organismen.