Der Hauptunterschied zwischen Autotrophen und Heterptrophen besteht darin, dass Autotrophen die Organismen sind, die Kohlenstoff aus anorganischen Kohlenstoffquellen wie Kohlendioxid erhalten, während Heterotrophe die Organismen sind, die Kohlenstoff aus organischen Kohlenstoffquellen erhalten.
Ein lebender Organismus kann nur zwei Energiequellen nutzen, um seinen organischen Bedarf zu synthetisieren. Dies sind Lichtenergie und chemische Energie, basierend darauf, dass es zwei Hauptgruppen von Organismen gibt, nämlich Phototrophen und Chemotrophen. Phototrophe nutzen Lichtenergie als Energiequelle, während Chemotrophe chemische Energie als Energiequelle nutzen. Phototrophe sind die Organismen, die die Photosynthese durchführen. Organismen können auch autotrop oder heterotrop sein, je nachdem, ob ihre Kohlenstoffquelle organisch oder anorganisch ist. Autotrophe verwenden anorganischen Kohlenstoff (Kohlendioxid) als Kohlenstoffquelle, während Heterotrophe organischen Kohlenstoff als Kohlenstoffquelle verwenden.